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Index
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__call__() (PrognosAIs.Model.Losses.MaskedCategoricalCrossentropy method)
__init__() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
(PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
(PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
(PrognosAIs.Model.Losses.MaskedCategoricalCrossentropy method)
(PrognosAIs.Model.Parsers.CallbackParser method)
(PrognosAIs.Model.Parsers.LossParser method)
(PrognosAIs.Model.Parsers.MetricParser method)
(PrognosAIs.Model.Parsers.OptimizerParser method)
(PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
_combine_config_and_model_metrics() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
_fake_fit() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator static method)
_format_predictions() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
_get_all_dataset_attributes() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
_get_all_images_from_sequence() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor static method)
_get_architecture_name() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer static method)
_get_dataset_names() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
_get_first_image_from_sequence() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor static method)
_identify_channel_file() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
_identify_mask_file() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
_identify_output_channel_file() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
_init_channel_files() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
_init_data_generators() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
_init_mask_files() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
_init_output_channel_files() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
_load_model() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator static method)
_parse_function_parameters() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
_perform_sanity_checks() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
_setup_model() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
A
add_to_labels() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
AlexNet_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.AlexNet)
AlexNet_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.AlexNet)
apply_augmentation() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
(PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
apply_pipeline() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
assert_all_channels_same_size() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
assert_all_masks_same_size() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
augment_sample() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
Augmentor (class in PrognosAIs.IO.DataGenerator)
B
BatchPreprocessor (class in PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors)
bias_field_correcting() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
bias_field_correcting_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
build_pipeline() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
C
calculate_concordance_index() (in module PrognosAIs.Model.Callbacks)
call() (PrognosAIs.Model.Losses.CoxLoss method)
(PrognosAIs.Model.Losses.DICE_loss method)
(PrognosAIs.Model.Losses.MaskedCategoricalCrossentropy method)
CallbackParser (class in PrognosAIs.Model.Parsers)
channel_imputation() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
channel_names() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample property)
channel_size() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample property)
channels() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample property)
channels_to_float16() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
check_minimum_input_size() (PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture.NetworkArchitecture static method)
ClassificationNetworkArchitecture (class in PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture)
combine_predictions() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator static method)
concordance_index() (in module PrognosAIs.Model.Metrics)
ConcordanceIndex (class in PrognosAIs.Model.Callbacks)
(class in PrognosAIs.Model.Metrics)
config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
ConfigLoader (class in PrognosAIs.IO.ConfigLoader)
convert_metrics_list_to_dict() (PrognosAIs.Model.Parsers.MetricParser method)
copy() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
copy_config() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
copy_directory() (in module PrognosAIs.IO.utils)
CoxLoss (class in PrognosAIs.Model.Losses)
create_directory() (in module PrognosAIs.IO.utils)
create_model() (PrognosAIs.Model.Architectures.AlexNet.AlexNet_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.AlexNet.AlexNet_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture.NetworkArchitecture method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet.DDSNet_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet.DDSNet_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet.InceptionNet_InceptionResNetV2_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet.InceptionNet_InceptionResNetV2_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet.ResNet_18_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet.ResNet_18_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet.ResNet_18_multioutput_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet.ResNet_34_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet.ResNet_34_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.UNet_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.UNet_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG_16_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG_16_3D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG_19_2D method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG_19_3D method)
crop_to_mask() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
D
DDSNet (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet)
DDSNet_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet)
DDSNet_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet)
delete_directory() (in module PrognosAIs.IO.utils)
DenseNet (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet)
DenseNet_121_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet)
DenseNet_121_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet)
DenseNet_169_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet)
DenseNet_169_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet)
DenseNet_201_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet)
DenseNet_201_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet)
DenseNet_264_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet)
DenseNet_264_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet)
DICE (class in PrognosAIs.Model.Metrics)
DICE_loss (class in PrognosAIs.Model.Losses)
dims (PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet.DDSNet_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet.DDSNet_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.UNet_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.UNet_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG_16_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG_16_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG_19_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG_19_3D attribute)
E
encode_labels_one_hot() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
evaluate() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
evaluate_metrics() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
evaluate_metrics_from_predictions() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
evaluate_sample_metrics() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
Evaluator (class in PrognosAIs.Model.Evaluators)
F
feature_loader() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
features_and_labels_loader() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
find_files_with_extension() (in module PrognosAIs.IO.utils)
fits_in_memory() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
G
general_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
get_all_dataset_attributes() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_appropiate_dtype_from_image() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample static method)
get_appropiate_dtype_from_scalar() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample static method)
get_available_ram() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_batch_size() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_cache_in_memory() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_callback_settings() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_callbacks() (PrognosAIs.Model.Parsers.CallbackParser method)
get_center_patch_around_mask() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_class() (PrognosAIs.Model.Parsers.StandardParser method)
get_class_weights() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
(PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_cluster_setting() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_cluster_type() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_combine_patch_predictions() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_config() (PrognosAIs.Model.Losses.CoxLoss method)
(PrognosAIs.Model.Losses.DICE_loss method)
(PrognosAIs.Model.Losses.MaskedCategoricalCrossentropy method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.DICE method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedAUC method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedCategoricalAccuracy method)
get_config_file() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_conv_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.Unet method)
get_copy_files() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_corrected_stride_size() (PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture.NetworkArchitecture static method)
get_cpu_devices() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_cropping_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.Unet method)
get_custom_definitions_file() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_data() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_data_augmentation() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_data_augmentation_factor() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_data_augmentation_settings() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_data_folder() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_dataset_attribute() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_dataset_distribution() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_dataset_names() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_DDS_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet.DDSNet method)
get_dense_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet method)
get_dense_stem() (PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet method)
get_depth() (PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.Unet method)
get_dir_size() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_distribution_strategy() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
get_do_augmentation() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_dtype() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_evaluate_metrics() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_evaluate_train_set() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_evaluation_mask_labels() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_evaluation_metric_settings() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_example_channel() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
get_example_channel_patches() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
get_example_mask() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
get_example_mask_patches() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
get_example_output_channel() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
get_example_output_channel_patches() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
get_extra_input_file() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_feature_attribute() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_feature_dimensionality() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_feature_metadata() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_feature_metadata_from_sample() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_feature_shape() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_feature_size() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_file_name() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_file_name_from_full_path() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_file_path() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_filter_missing() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_float16_epsilon() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_float_policy() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_fsl_reorient_bin() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_fsl_val_bin() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_gpu_compute_capability() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_gpu_devices() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_gpu_workers() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_grouped_channels() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
get_grouped_masks() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
get_grouped_output_channels() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
get_image_output_labels() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
get_image_size() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_inception_resnet_A() (PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet.InceptionResNet method)
get_inception_resnet_B() (PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet.InceptionResNet method)
get_inception_resnet_C() (PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet.InceptionResNet method)
get_inception_resnet_reduction_A() (PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet.InceptionResNet method)
get_inception_resnet_reduction_B() (PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet.InceptionResNet method)
get_inception_stem() (PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet.InceptionResNet method)
get_input_folder() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_keep_rejected_patches() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_label_attribute() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_label_categories() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_label_category_type() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_label_combination_type() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_label_file() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_label_from_sample() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_labels() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_labels_are_one_hot() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_labels_from_category() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_loss_settings() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_loss_weights() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_losses() (PrognosAIs.Model.Parsers.LossParser method)
get_make_one_hot() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_make_patches() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_mask_file() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_mask_keyword() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_max_steps_per_epoch() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_metric_settings() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_metrics() (PrognosAIs.Model.Parsers.MetricParser method)
get_min_patch_voxels() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_model_file() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_model_name() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_model_settings() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_multi_channels_patches() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_N_classes() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_N_epoch() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_N_jobs() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_N_max_patches() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_number_of_channels() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_number_of_classes() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
(PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_number_of_classes_from_category() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_number_of_cpus() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_number_of_filters() (PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.Unet method)
get_number_of_gpu_devices() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_number_of_samples() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_number_of_slurm_nodes() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_numpy_iterator() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_numpy_type_from_sitk_type() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample static method)
get_optimizer() (PrognosAIs.Model.Parsers.OptimizerParser method)
get_optimizer_settings() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_original_label_category_type() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_original_labels_from_category() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_output_folder() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_padding_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.Unet method)
get_parent_directory() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_patch_predictions() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_patch_size() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_pool_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.Unet method)
get_preprocessings_settings() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_processed_samples_folder() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_random_state() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_real_labels() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
get_real_labels_of_sample_subset() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
get_reject_patches() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_resample_images() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_resample_size() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_rescale_mask_intensity() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_residual_conv_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet.ResNet method)
get_residual_identity_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet.ResNet method)
get_resume_training_from_model() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_root_name() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_sample_class() (in module PrognosAIs.Preprocessing.Samples)
get_sample_labels_from_patch_labels() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
get_sample_predictions_from_patch_predictions() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
get_sample_result_from_patch_results() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
get_samples() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
get_save_name() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_seed() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
get_shuffle() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_shuffle_evaluation() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_shuffle_val() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_sitk_type_from_numpy_type() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample static method)
get_size_string() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_spec() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_specific_output_folder() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_step_type() (PrognosAIs.IO.Configs.config static method)
get_stratify_index() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_subdirectories() (in module PrognosAIs.IO.utils)
get_test_data_folder() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_test_label_file() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_test_model_file() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_tf_dataset() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
get_to_evaluate_metrics() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
get_training_multi_processing() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_transition_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet method)
get_upsampling_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.Unet method)
get_use_class_weights() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_use_class_weights_in_losses() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_use_labels_from_rejection() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_use_mask_as_channel() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_use_mask_as_label() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
get_VGG_block() (PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG method)
get_write_predictions() (PrognosAIs.IO.ConfigLoader.ConfigLoader method)
gpu_supports_float16() (in module PrognosAIs.IO.utils)
gpu_supports_mixed_precision() (in module PrognosAIs.IO.utils)
GROWTH_RATE (PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_3D attribute)
H
HDF5Generator (class in PrognosAIs.IO.DataGenerator)
I
image_array_to_sitk() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
ImageSample (class in PrognosAIs.Preprocessing.Samples)
InceptionNet_InceptionResNetV2_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet)
InceptionNet_InceptionResNetV2_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet)
InceptionResNet (class in PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet)
init_data_generators() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
init_dimensionality() (PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet.DDSNet method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet.InceptionResNet method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.Unet method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.VGG.VGG method)
init_from_sys_args() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator class method)
(PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer class method)
(PrognosAIs.Pipeline.Pipeline class method)
(PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.BatchPreprocessor class method)
init_image_files() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
(PrognosAIs.Preprocessing.Samples.NIFTISample method)
init_label_generators() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
init_model_parameters() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
INITIAL_FILTERS (PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_3D attribute)
is_unmasked_sample() (PrognosAIs.Model.Losses.MaskedCategoricalCrossentropy method)
L
label_loader() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
labeling_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
LabelLoader (class in PrognosAIs.IO.LabelParser)
load_channels() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
(PrognosAIs.Preprocessing.Samples.NIFTISample method)
load_class_weights() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
load_features() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
load_labels() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
load_masks() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
(PrognosAIs.Preprocessing.Samples.NIFTISample method)
load_model() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator static method)
load_module_from_file() (in module PrognosAIs.IO.utils)
LossParser (class in PrognosAIs.Model.Parsers)
M
make_dataframe() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
make_dropout_layer() (PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture.NetworkArchitecture method)
make_inputs() (PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture.NetworkArchitecture method)
make_metric_dataframe() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
make_outputs() (PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture.ClassificationNetworkArchitecture static method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture.NetworkArchitecture method)
(PrognosAIs.Model.Architectures.UNet.Unet method)
mask() (PrognosAIs.IO.Configs.bias_field_correcting_config property)
(PrognosAIs.IO.Configs.masking_config property)
(PrognosAIs.IO.Configs.normalizing_config property)
(PrognosAIs.IO.Configs.rejecting_config property)
mask_background() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
mask_background_to_min() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor static method)
mask_file() (PrognosAIs.IO.Configs.bias_field_correcting_config property)
(PrognosAIs.IO.Configs.masking_config property)
(PrognosAIs.IO.Configs.normalizing_config property)
(PrognosAIs.IO.Configs.rejecting_config property)
mask_names() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample property)
mask_size() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample property)
MaskedAUC (class in PrognosAIs.Model.Metrics)
MaskedCategoricalAccuracy (class in PrognosAIs.Model.Metrics)
MaskedCategoricalCrossentropy (class in PrognosAIs.Model.Losses)
MaskedSensitivity (class in PrognosAIs.Model.Metrics)
MaskedSpecificity (class in PrognosAIs.Model.Metrics)
masking() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
masking_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
masks() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample property)
MetricParser (class in PrognosAIs.Model.Parsers)
model() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer property)
module
PrognosAIs
PrognosAIs.Constants
PrognosAIs.IO
PrognosAIs.IO.ConfigLoader
PrognosAIs.IO.Configs
PrognosAIs.IO.DataGenerator
PrognosAIs.IO.LabelParser
PrognosAIs.IO.utils
PrognosAIs.Model
PrognosAIs.Model.Architectures
PrognosAIs.Model.Architectures.AlexNet
PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture
PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet
PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet
PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet
PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet
PrognosAIs.Model.Architectures.UNet
PrognosAIs.Model.Architectures.VGG
PrognosAIs.Model.Callbacks
PrognosAIs.Model.Evaluators
PrognosAIs.Model.Losses
PrognosAIs.Model.Metrics
PrognosAIs.Model.Parsers
PrognosAIs.Model.Trainer
PrognosAIs.Pipeline
PrognosAIs.Preprocessing
PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors
PrognosAIs.Preprocessing.Samples
move_data_to_temporary_folder() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
multi_dimension_extracting() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
multi_dimension_extracting_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
N
NetworkArchitecture (class in PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture)
NIFTISample (class in PrognosAIs.Preprocessing.Samples)
normalize_path() (in module PrognosAIs.IO.utils)
normalizing() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
normalizing_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
O
on_epoch_end() (PrognosAIs.Model.Callbacks.ConcordanceIndex method)
(PrognosAIs.Model.Callbacks.Timer method)
one_hot_labels_to_flat_labels() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator static method)
OptimizerParser (class in PrognosAIs.Model.Parsers)
output_channel_size() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample property)
output_channels() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample property)
P
pad_to_original_size() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
padding_type (PrognosAIs.Model.Architectures.AlexNet.AlexNet_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.AlexNet.AlexNet_3D attribute)
parse_settings() (PrognosAIs.Model.Parsers.StandardParser method)
patch_size() (PrognosAIs.IO.Configs.patching_config property)
patches_to_sample_image() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
patching() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
patching_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
Pipeline (class in PrognosAIs.Pipeline)
predict() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
PrognosAIs
module
PrognosAIs.Constants
module
PrognosAIs.IO
module
PrognosAIs.IO.ConfigLoader
module
PrognosAIs.IO.Configs
module
PrognosAIs.IO.DataGenerator
module
PrognosAIs.IO.LabelParser
module
PrognosAIs.IO.utils
module
PrognosAIs.Model
module
PrognosAIs.Model.Architectures
module
PrognosAIs.Model.Architectures.AlexNet
module
PrognosAIs.Model.Architectures.Architecture
module
PrognosAIs.Model.Architectures.DDSNet
module
PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet
module
PrognosAIs.Model.Architectures.InceptionNet
module
PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet
module
PrognosAIs.Model.Architectures.UNet
module
PrognosAIs.Model.Architectures.VGG
module
PrognosAIs.Model.Callbacks
module
PrognosAIs.Model.Evaluators
module
PrognosAIs.Model.Losses
module
PrognosAIs.Model.Metrics
module
PrognosAIs.Model.Parsers
module
PrognosAIs.Model.Trainer
module
PrognosAIs.Pipeline
module
PrognosAIs.Preprocessing
module
PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors
module
PrognosAIs.Preprocessing.Samples
module
promote_simpleitk_types() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample static method)
R
random_brightness() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
random_contrast() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
random_cropping() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
random_flipping() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
random_rotate() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.Augmentor method)
rejecting() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
rejecting_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
replace_root_path() (PrognosAIs.IO.LabelParser.LabelLoader method)
(PrognosAIs.Model.Parsers.CallbackParser method)
resampling() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
resampling_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
reset_states() (PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedSensitivity method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedSpecificity method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.Sensitivity method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.Specificity method)
ResNet (class in PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet)
ResNet_18_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet)
ResNet_18_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet)
ResNet_18_multioutput_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet)
ResNet_34_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet)
ResNet_34_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.ResNet)
result() (PrognosAIs.Model.Metrics.ConcordanceIndex method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.DICE method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedSensitivity method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedSpecificity method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.Sensitivity method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.Specificity method)
S
saving() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.SingleSamplePreprocessor method)
saving_config (class in PrognosAIs.IO.Configs)
Sensitivity (class in PrognosAIs.Model.Metrics)
set_precision_strategy() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
set_tf_config() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer static method)
setup_augmentation() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
setup_caching() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
setup_caching_shuffling_steps() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
setup_callbacks() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
setup_data_generator() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
setup_logger() (in module PrognosAIs.IO.utils)
setup_model() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
setup_sharding() (PrognosAIs.IO.DataGenerator.HDF5Generator method)
SingleSamplePreprocessor (class in PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors)
Specificity (class in PrognosAIs.Model.Metrics)
split_into_subsets() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.BatchPreprocessor method)
StandardParser (class in PrognosAIs.Model.Parsers)
start() (PrognosAIs.Preprocessing.Preprocessors.BatchPreprocessor method)
start_local_pipeline() (PrognosAIs.Pipeline.Pipeline method)
start_slurm_pipeline() (PrognosAIs.Pipeline.Pipeline method)
T
THETA (PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_121_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_169_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_201_3D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_2D attribute)
(PrognosAIs.Model.Architectures.DenseNet.DenseNet_264_3D attribute)
Timer (class in PrognosAIs.Model.Callbacks)
train_data_generator() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer property)
train_model() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer method)
Trainer (class in PrognosAIs.Model.Trainer)
U
Unet (class in PrognosAIs.Model.Architectures.UNet)
UNet_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.UNet)
UNet_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.UNet)
update_channel_size() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
update_labels() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
update_mask_size() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
update_metadata() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
update_output_channel_size() (PrognosAIs.Preprocessing.Samples.ImageSample method)
update_state() (PrognosAIs.Model.Metrics.ConcordanceIndex method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.DICE method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedAUC method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedCategoricalAccuracy method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedSensitivity method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.MaskedSpecificity method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.Sensitivity method)
(PrognosAIs.Model.Metrics.Specificity method)
V
validation_data_generator() (PrognosAIs.Model.Trainer.Trainer property)
VGG (class in PrognosAIs.Model.Architectures.VGG)
VGG_16_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.VGG)
VGG_16_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.VGG)
VGG_19_2D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.VGG)
VGG_19_3D (class in PrognosAIs.Model.Architectures.VGG)
W
write_image_predictions_to_files() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
write_metrics_to_file() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
write_predictions_to_file() (PrognosAIs.Model.Evaluators.Evaluator method)
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